La denominación "fisioterapeuta" aparece a principios del siglo XX. Hasta 1957, esta denominación se utilizaba como especialidad médica, que posteriormente fue sustituida por la de Fisiatra, o especialista en Medicina Física y Rehabilitación.
La formación de profesionales (no médicos) como Fisioterapeutas comenzó en 1957, a través de los "cursos de rehabilitación" creados por la Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML). La primera responsable del curso de Fisioterapia fue la señorita Anne Cepik, fisioterapeuta de los Estados Unidos de América (EE.UU.). Los primeros fisioterapeutas fueron formados por profesionales de EE.UU., Dinamarca y Gran Bretaña.
El 12 de noviembre de 1960 se creó la Asociación Portuguesa de Fisioterapeutas.
Los primeros fisioterapeutas formados tuvieron una formación complementaria en EE.UU. y a partir de 1963 participaron fisioterapeutas portugueses. Estos cursos de Rehabilitación llevaron a la creación de la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão, en 1966, integrada en el Centro Médico y de Rehabilitación de Alcoitão. También en 1966, la Portaria 22034, de 4 de junio de 1966, marca la introducción del "Título Profesional de Fisioterapeuta" en Portugal.
En los primeros años de esta profesión, las líneas dominantes de formación de los Fisioterapeutas y de desempeño de la función respectiva seguían dos grandes líneas: En la Santa Casa da Misericórdia, con la creación de los cursos de Rehabilitación y posteriormente de la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão, y en los Hospitales del Estado, con la creación de los cursos de Auxiliar de Fisioterapia y de Técnico Fisioterapeuta. También es importante mencionar la formación específica en los territorios de ultramar y en el ámbito militar.
A principios de los años 70, la reestructuración del sistema de Salud, por la publicación del Decreto Ley 414/71, de 27 de septiembre, donde se creó la carrera de "Terapeuta Técnico", donde el acceso se limitó a los profesionales con el "Título Profesional de Fisioterapeuta".
En 1977, se crea la enseñanza superior de corta duración ( Decreto Lei nº 427-B/77 ). A continuación, se incluyó la Escuela de Rehabilitación de Alcoitão como formación de enseñanza superior.
A pesar del intento de mantener la Fisioterapia como titulación de Educación Superior, en 1982 se crearon las Escolas Técnicas dos Serviços de Sáude de Lisboa, Porto y Coimbra, que incluían la formación de técnicos en Fisioterapia. En 1985, la evolución de la carrera profesional sustituyó la denominación "Técnico Auxiliar dos Serviços Complementares" por la de "Técnico de Diagnóstico e Terapêutica", que contaba con 18 profesiones.
El nuevo plan de estudios de Fisioterapia entró en vigor en el curso 1990/1991 en la Escola de Reabilitação do Alcoitão. En 1993 se crearon las Escuelas Superiores de Tecnologías Sanitarias de Lisboa, Oporto y Coimbra, que se integraron en el sistema educativo nacional de Enseñanza Superior Politécnica.
En 1993, el Decreto-Ley nº 415/93, de 23 de diciembre, integra la Fisioterapia en la Enseñanza Superior.
A partir de 1999, el Departamento de Recursos Humanos para la Salud (ahora ACSS) hizo obligatorio que los titulares del Curso de Fisioterapia tuvieran un Registro Profesional.
A finales de los años 90 y principios de siglo, el número de Instituciones de Enseñanza de Fisioterapia creció considerablemente, con la creación de 11 instituciones entre 1997 y 2009.
En 2004, el "Informe sobre la implantación del proceso de Bolonia a nivel nacional, por áreas de conocimiento - Tecnologías sanitarias" (Lopes.A, 2004) propone que el primer ciclo, en el modelo de Bolonia, dure 4 años, correspondientes a 240 ECTS.