La désignation "physiothérapeute" apparaît au début du 20e siècle. Jusqu'en 1957, cette désignation était utilisée comme une spécialité médicale, qui a ensuite été remplacée par Physiatrist, ou spécialiste en médecine physique et réadaptation.
La formation de professionnels (non médecins) en tant que physiothérapeutes a commencé en 1957, par le biais des "cours de réhabilitation" créés par la Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML). La première responsable du cours de physiothérapie a été Mlle Anne Cepik, une physiothérapeute des États-Unis d'Amérique (USA). Les premiers physiothérapeutes ont été formés par des professionnels des États-Unis, du Danemark et de la Grande-Bretagne.
Le 12 novembre 1960, l'Association portugaise des physiothérapeutes a été créée.
Les premiers kinésithérapeutes formés ont reçu une formation complémentaire aux États-Unis et, à partir de 1963, des kinésithérapeutes portugais y ont participé. Ces cours de réhabilitation ont conduit à la création de l'école de réhabilitation d'Alcoitão, en 1966, intégrée au centre médical et de réhabilitation d'Alcoitão. Toujours en 1966, le Portaria 22034, du 4 juin 1966, marque l'introduction du "Titre professionnel de physiothérapeute" au Portugal.
Dans les premières années de cette profession, les lignes dominantes de la formation des physiothérapeutes et de l'exercice de la fonction respective suivaient deux grandes lignes : À la Santa Casa da Misericórdia, avec la création des cours de réadaptation et, plus tard, de l'école de réadaptation Alcoitão, et dans les hôpitaux publics, avec la création des cours d'assistant en physiothérapie et de technicien physiothérapeute. Il est également important de mentionner la formation spécifique dans les territoires d'outre-mer et dans le domaine militaire.
Au début des années 70, la restructuration du système de santé, par la publication du décret-loi 414/71, du 27 septembre, a créé la carrière de "thérapeute technique", dont l'accès était limité aux professionnels ayant le "titre professionnel de physiothérapeute".
En 1977, il est créé l'enseignement supérieur de courte durée (Decreto Lei nº 427-B/77). Par la suite, l'école de réhabilitation d'Alcoitão a été incluse comme formation d'enseignement supérieur.
Malgré la tentative de maintenir la physiothérapie en tant que qualification de l'enseignement supérieur, les Escolas Técnicas dos Serviços de Sáude de Lisboa, Porto et Coimbra ont été créées en 1982, qui comprenaient la formation de techniciens en physiothérapie. En 1985, l'évolution de la carrière professionnelle a remplacé la dénomination "Técnico Auxiliar dos Serviços Complementares" par "Técnico de Diagnóstico e Terapêutica", qui comptait 18 professions.
Le nouveau plan d'études en physiothérapie est entré en vigueur au cours de l'année universitaire 1990/1991 à l'Escola de Reabilitação do Alcoitão. En 1993, les écoles supérieures des technologies de la santé de Lisbonne, Porto et Coimbra ont été créées et intégrées au système éducatif national de l'enseignement supérieur polytechnique.
En 1993, le décret-loi nº 415/93, du 23 décembre, intègre la physiothérapie dans l'enseignement supérieur.
À partir de 1999, le ministère des Ressources humaines pour la santé (maintenant l'ACSS) a rendu obligatoire l'inscription au registre professionnel pour les titulaires du cours de physiothérapie.
À la fin des années 1990 et au début du siècle, le nombre d'établissements d'enseignement de la physiothérapie a considérablement augmenté, avec la création de 11 établissements entre 1997 et 2009.
En 2004, le "Rapport sur la mise en œuvre du processus de Bologne au niveau national, par domaines de connaissance - technologies de la santé" (Lopes.A, 2004) propose que le premier cycle, dans le modèle de Bologne, dure 4 ans, correspondant à 240 ECTS.